Cytoscape支持许多 规范的网络和注解格式文件，包含：SIF(Simple Interaction Format)， GML，Cytospace(网络分析软件)， XGMML， BioPAX， PSI-MI， GraphML， KGML (KEGG XML)， SBML， OBO， 和 Gene Association。比如，假如你有一个由 igraph 或 Bioconductor 转化成的网络数据信息，Cytoscape 能够 将该文件以文字表的方式载入，并以 PSI-MI 文件格式导出来，供别的生物信息学专用工具或你自己的程序运行/脚本制作应用。您还可以应用类似别的图型程序运行操作界面的手动式合理布局专用工具。 比如，客户能够 依据基因的表达数据加载的p值，挑选参加互动的阀值总数的节点、共享资源特殊GO注 ...
