但是GenevieveAristide的住所，正被ATC董事会雇佣的佣兵攻击。被克隆杀手杀死之前SnakeFist告诉主角，要战胜Alma，就需要StillIsland上（一代中囚禁Alma的地方）的精神力量加强器，加强主角的精神力量，战胜Alma。这时主角发现自己退出了幻境并被封在加强器内。极度恐慌2：起源计划，《极度恐慌2：起源计划》故事发生在一代大爆炸前30分钟，一代主角在追捕PaxtonFettel过程找到的各类证据，都证明ATC总裁GenevieveAristide有罪。而主角和另一幸存队友Keegan是最有希望成功的。这时Alma突然出现，GenevieveAristide将Alma和主角一起关在了加强器里。同时主角还得知所谓的”Harbinger“计划就是制造类似一代中PaxtonFettel的精神力量指挥 ...
