故事从主角秘密运送EVA四号机到了NERV本部开始，面对恐怖份子的攻击、NERV内部暗藏的阴谋等，透过调查各个事件，逐渐解开原作中留下的种种谜团。《新世纪福音战士：机密档案》以动画的17～24话与剧场版「Air真心为你」为基础。 ...
